การจัดการเรียนการสอนในรูปแบบวิชาเอก ระดับชั้นมัธยมศึกษาตอนปลาย หลักสูตรระดับมัธยมศึกษาตอนปลาย ตั้งแต่ปีการศึกษา 2563 ทางโรงเรียนเซนต์โยเซฟ บางนา ได้ปรับหลักสูตรสำหรับชั้นมัธยมศึกษาตอนปลาย เพื่อให้นักเรียนมีทางเลือกในการเรียนที่หลากหลายมากขึ้น ซึ่งจะสอดคล้องกับการเรียนในระบบมหาวิทยาลัย อันจะทำให้นักเรียนได้ค้นพบตนเองและเตรียมความพร้อมก่อนเข้าศึกษาต่อในระดับอุดมศึกษา